Om in het drasse veengebied, dat West-Nederland in de vroege middeleeuwen was, als boer te kunnen wonen en werken, waren kunstgrepen nodig. Wie deze grond wilde gebruiken voor akkerbouw, moest eerst ontwateren, d.w.z. een stelsel van sloten graven, die het water afvoerden naar een rivier of een wetering.
Toen vanaf de 11e eeuw de bevolking begon toe te nemen, werd in vrij snel tempo een groot deel van het huidige Zuid-Holland en West-Utrecht ontgonnen. Samenwerking van de grondgebruikers was hierbij noodzakelijk en de ontginningen gebeurden dan ook meestal in dorpsverband.
De waterstaat was een gewone alledaagse dorpsaangelegenheid en het dorpsbestuur regelde dit naast andere bestuurszaken. Dit ging goed zolang de dorpsbewoners tevens eigenaar en gebruiker van hun eigen grond waren. Maar na enige tijd traden er verschillen op: sommige boeren werden pachter van grond, die aan een ander toebehoorde, soms zelfs aan iemand die niet (meer) in het dorp, maar in de stad woonde. Daardoor hadden niet alle leden van de dorpsgemeenschap meer dezelfde belangen bij de grond.
Ontwatering en waterkering, nodig om de grond bruikbaar te houden, werden gezien als een belang van de geërfden en dezen vielen als groep niet langer samen met de dorpsgemeenschap. Het dorpsbestuur kon dus de geërfden niet meer vertegenwoordigen en zij begonnen eigen samenwerkingsverbanden te vormen om hun belangen te behartigen: waterschappen.
Dat gebeurde meestal op een ad hoc basis. Er deed zich een bepaald waterstaatkundig probleem voor, zoals de noodzaak tot aanleg van een nieuwe dijk of van een sluis, en dan maakten de geërfden afspraken hoe dit onderling te regelen. Bij een volgend probleem maakte men gewoon een nieuwe regeling met weer een ander bestuur om die uit te voeren. Hierdoor ontstond een lappendeken van gebiedjes met eigen regelingen, die elkaar ook weer deels overlapten.
Soms was de overheid bij dit proces betrokken, zeker als het er om ging grote werken te realiseren waar hele landstreken belang bij hadden, zoals aanleg en onderhoud van zeedijken. Maar kleinschalige regelingen waren een overwegend particuliere aangelegenheid en dat zouden zij tot in de 19e eeuw ook blijven.
In de Franse tijd (1795-1813) brak echter de opvatting door dat de waterstaat een publieke aangelegenheid behoorde te zijn.
In de 19e eeuw werd op landelijk niveau Rijkswaterstaat gevormd en hadden ook de provincies eigen waterstaatsdiensten ingesteld voor toezicht op en coördinatie van de talloze kleine waterschappen binnen hun grenzen.
Geleidelijk aan zijn deze talloze kleine waterschappen opgeheven en samengevoegd met of opgedeeld over andere. Dit fusieproces is nog versterkt door de Waterschapswet van 1992. Daarin is niet alleen bepaald dat alle inwoners van Nederland belang hebben bij en dus zeggenschap hebben over en moeten meebetalen aan een goede waterstaatszorg, maar ook dat alle taken op het gebied van die zorg bij de waterschappen moeten zijn ondergebracht.
