Het waterschap wordt bestuurd door het Algemeen Bestuur en de Dijkgraaf & Heemraden. De ambtelijke organisatie bestaat uit negen afdelingen. Aan het hoofd van de ambtelijke organisatie staat de directie.
De staf heeft een directie- en management-ondersteunende functie. Onder taken van de staf vallen o.a.: bewaken INK Model, concernbrede kaderstelling, planning en control en toetsing.
Beleidsafdeling, bezig met planvorming op strategisch niveau. Te denken valt aan Kaderrichtlijn Water, scenariostudies, stroomgebiedsplannen en waterplannen. Onderhoudt veel contacten met derden en is reactief en pro-actief bij de totstandkoming van plannen van derden betrokken. Is verantwoordelijk voor de toetsing van het watersysteem ten behoeve van sturing op effecten.
Adviserende afdeling voor de Afdeling Beheer Watersystemen en uitvoeren voor projecten in het watersysteem en waterkeringen. Stelt binnen de kaders, aangeleverd door Afdeling Planvorming, de operationele plannen op (baggerplannen, onderhoudsplannen etc.). Verzorgt de Keurvergunningen en houdt de legger en beheerregister bij.
Uitvoerende afdeling voor beheer en onderhoud van het watersysteem en waterkeringen. Verzorgt de inventarisatie van de systemen incl. schouw. Is interne opdrachtgever voor grote onderhoudswerken.
Adviserende en uitvoeren voor projecten waterzuivering. Stelt binnen de kaders, aangeleverd door Afdeling Planvorming, de operationele plannen op. Uitvoerende afdeling voor beheer en onderhoud van de waterzuiveringen. Is interne opdrachtgever voor grotere onderhouds- en verbeteringswerken.
Verzorgt (het beleid voor) vergunningverlening en handhaving WVO. Draagt zorg voor de registratie en afhandeling van klachten en meldingen voor wat betreft oppervlaktewaterkwaliteit. Verzorgt calamiteitenzorg oppervlaktewaterkwaliteit.
Deze afdeling houdt zich bezig met de automatisering, geografische informatie en met documentaire informatievoorziening.
In deze afdeling zijn de volgende ondersteunende processen samengebracht: juridische dienstverlening, communicatie en relatiemanagement, facilitaire zaken, personeelszaken, financiën en secretariële ondersteuning.
